生物质科学与工程研究院主要依托河南工业大学食品科学与工程、化学和生物学3个一级学科开展跨学科的科学研究、人才培养和社会服务工作，依托三个学科成立了生物质资源化工前沿研究、木本油料新资源挖掘与高值化利用研究、生物质资源生物高值转化与利用3个科研中心，以及生物质能源与材料创新、化工过程强化创新、油料资源精深加工创新和生物转化技术创新4个校级创新团队。

（1）食品科学与工程

本学科具备学士、硕士、博士三级人才培养体系，支撑的农业科学学科位居ESI全球前1.6‰。于1981年开始培养硕士研究生，2012年获批服务国家特殊需求“国家粮食安全（产后）”博士人才培养项目，2013年开始博士研究生教育，2018年获批博士学位授权一级学科。2020年学科入选河南省特色骨干A类建设学科，2021年入选河南省“双一流”创建学科，2022年入选教育部“高校学科领域优先发展”规划。

（2）化学

本学科具备学士、硕士、博士三级人才培养体系，自2020年起ESI排名持续保持全球前1%。学科聚焦天然再生资源化学化工，在粮油精细化工、生物质资源转化等领域优势显著，主持的“大豆磷脂生产技术”获国家科技进步二等奖。拥有教育部生物质资源化工重点实验室培育基地等10余个省部级平台，与多家企业合作推动技术产业化，在植物油有害成分分析、生物柴油制备等领域居河南省领先地位。

（3）生物学

本学科是河南省一级重点学科，支撑的生物学与生物化学学科位居ESI全球前1%。在上世纪80年代即开始培养农产品加工与贮藏方向的研究生。2006年获批微生物学硕士点，2010年获批生物学一级硕士点。2012年“工业微生物菌种保藏与选育”河南省工程实验室和“农产品产后微生物检测与防控”河南省高校重点实验室培育基地立项建设。2015年，生物学参与“粮食产后加工与安全”河南省特色学科群建设，2021年获得小麦生物加工与营养功能河南省重点实验室立项建设。经过多年的建设和发展，形成了理、工、农结合,以工为主的特色生物学科，在国内外同行中享有较高声誉。